От месец април 2011 г. Югозападният университет „Неофит Рилски” е една от организациите – партньори, които изпълняват проект „Трансгранично приложение на иновативни технологии за намаляване на разходите”. Проектът, известен още като Проект „CROSS-INNO-CUT”, съгласно абривиатурата си на английски език, е финансиран по Програмата за Европейско териториално сътрудничество „Гърция – България 2007-2013”.

От месец април 2011г. Югозападният университет „Неофит Рилски” е една от организациите – партньори, които изпълняват проект „Общи религиозни и културни пътеки”. Проектът, известен още като Проект „CORECT”, съгласно абривиатурата си на английски език, е финансиран по Програмата за Европейско териториално сътрудничество „Гърция – България 2007-2013”.

От месец юли 2008 г. Югозападният университет „Неофит Рилски” е една от организациите – партньори, които изпълняват проект „Създаване на възобновимо депо от знания за изследванията в сферата на икономиката на благополучието на работното място”. Проектът, известен още като Проект „ROWER”, съгласно абривиатурата си на английски език, е финансиран по 7-ма Рамкова програма за научни изследвания на ЕС и има за цел да изгради фундаментална основа, която ще позволи разширяване на излесдванията в областта на икономиката на здравеопазването и безопасността на работното място, като по този начин ще се спомогне за разработването на съответните управленски политики в тази област.

Програма Жан Моне. Модул Европейска – икономическа интеграция. Политики, институции, предизвикателства пред България.

Със  Заповед № РД-16-864/02.09.2016 г. на министъра на икономиката се утвърждава Оперативно ръководство за 2016 г. по проект „Техностарт 2 – Насърчаване на иновационната активност на младите хора“ с което, считано от 07.09.2016 г. се обявява Национален конкурс за кандитатстване по проекта.